Membrane chromatography - high throughput screening and simulative process develoopment

Die in dieser Dissertation durchgeführten Untersuchungen liefern einen Beitrag im Bereich der biopharmazeutischen Prozessentwicklung und Produktion, im Speziellen für die chromatographische Aufreinigung. Bedingt durch die weltweite SARS-CoV-2 Pandemie stand die biopharmazeutische Industrie im Mittelpunkt des Medieninteresses. Dies führte zu einer öffentlichen Diskussion der Entwicklung und Herstellung von biopharmazeutischen Produkten. Aufgrund des dringlich benötigten Impfstoffes sind auch die benötigten Prozessentwicklungszeiten dieses erörtert worden. Die schnelle Bereitstellung eines wirksamen Arzneimittels bzw. Impfstoffes unter Einhaltung der behördlichen Anforderungen erfordert eine modernisierte und effizientere Entwicklung. Hierbei birgt eine einseitige Fokussierung auf die reine Reduktion der Entwicklungszeit eines Prozesses jedoch Nachteile und Risiken. Die Effizienzsteigerungspotentiale ergeben sich vor allem aus Wissensmanagement bei der Übertragung von bekannten Prozessentwicklungen wodurch Neuentwicklungen durch vorhandenes Wissen beschleunigt werden können. Des Weiteren besteht das Risiko bei eine reinen Zeitfokussierung, dass neuer/alternativer Herstellungsverfahren vernachlässigt werden und die langfristige Wettbewerbsfähigkeit nicht gegeben ist. Im Allgemeinen ist der pharmazeutische Aufreinigungsprozess in den vorgelagerten Upstream- (USP) und den daran angeschlossenen Downstream Prozess (DSP) unterteilt. Der USP verfolgt den optimalen Zellklon bzw. die optimalen Zellproduktionsbedingungen, wodurch eine stabile und hohe Produktivität erreicht wird. Im Gegensatz konzentriert sich das DSP auf die Produkt- und die Verunreinigungsprofile mit dem Ziel, eine hohe Reinheit und Ausbeute des Produktes zu erhalten. Aufgrund des hohen Standardisierungsgrades und der verfügbaren Informationen eignet sich die Herstellung von monoklonalen Antikörpern als Beispiel für einen Plattformprozess. Dieser Prozess umfasst im UPS die Vorbereitung von Kulturen und Zellen sowie die Herstellung des Wirkstoffes in einem Fermenter. Anschließend erfolgt die Aufreinigung des Produktes im DSP durch die Zellabtrennung, zwei bis drei Chromatographieschritte, Virusinaktivierung und einen eventuellen Pufferaustausch. Dem angeschlossen folgt die Virus- und Sterilfiltration in Vorbereitung auf die Abfüllung. Das derzeitige Verfahren in der chromatographischen Prozessentwicklung ermöglicht den Maßstabstransfer vom Labor zur Produktion durch verschiedene Ansätze. Diese Ansätze beruhen auf experimentellen Informationen, Expertenwissen sowie mechanistischer und/oder statistischer Modellierung. Die Prozessentwicklung gliedert sich in eine erste statische Untersuchung, eine detailliertere dynamische Leistungsuntersuchung und Experimente. Das grundsätzliche Ziel ist eine erfolgreiche Ergebnisübertragung in den Produktionsmaßstab. In frühen Entwicklungsstadien stehen der Prozessentwicklung meist nur sehr geringe Mengen des potenziellen Wirkstoffes zur Verfügung. Dementsprechend werden die statischen Untersuchungen entweder manuell oder durch robotergestützte Pipettierschritte im Kleinstmaßstab durchgeführt. Dem angeschlossen werden in Performance-Untersuchungen die ersten dynamischen Effekte ermittelt, typischerweise in automatisierten Robotersäulen im Mikrolitermaßstab. Bei ausreichender Verfügbarkeit werden detaillierte Experimente im Milliliter-Maßstab mit Flüssigchromatographie-Systemen im Labormaßstab durchgeführt. Die Laborsysteme weisen bereits einen mit der Produktion vergleichbaren Automatisierungsgrad auf. Dementsprechend bieten die detaillierten Experimente in der Regel die Grundlage für den Transfer in den Pilot- oder Produktionsmaßstab. In aktuellen Studien wird der Entwicklungsprozess häufig durch mechanistische Modellierung (MM) unterstützt. Das Ziel dieser Arbeiten ist eine theoretische Repräsentation des betrachteten Schrittes unter Bildung eines digitalen Zwillings. MM bietet die Möglichkeit, zusätzliche Informationen über Eingangsstoffe, stationäre Phasen, Geräte und Prozessführungen zu generieren. Auf diese Weise könnte MM die heute bekannten Prozessentwicklungsansätze miteinander verbinden, zusammenfassen und eine lebende Prozessbibliothek schaffen. Eine solche Bibliothek könnte das Wissen aus verschiedenen Prozessen bündeln und auf neue Fragestellung übertragen. Durch eine solche Transferleistung würden sich Zeit- und Kostenaufwand reduzieren. Die Entwicklung einer lebendigen Prozessbibliothek erfordert gleiche Untersuchungsansätze für alle stationären Phasen. Aufgrund der historischen Entwicklung besteht ein Ungleichgewicht zwischen partikulären/harzbasierter basiert Chromatographie und anderen stationären Phasen. Diese zumeist relativ neuen stationären Phasen werden nur selten für neue experimentelle Aufbauten, Prozessführungen und mechanistischen Modellierungsansätzen diskutiert. In der vorliegenden Arbeit wird ein monoklonaler Antikörper-Aufreinigungsprozess zur Aggregatabtrennung untersucht. Hierbei wird zunächst die Angleichung der Prozessentwicklungsmethoden zwischen diffusiven harzbasierten- und konvektiven Membranadsorbern (MA) als stationäre Phasen angestrebt. Dafür wird zunächst ein Aufbau für ein Hochdurchsatz-Screening entwickelt und mittels mechanistischer Modellierung die Ausarbeitung eines digitalen Zwillings angestrebt. In vier maßgeblichen Fallstudien werden die unterschiedlichen Prozessentwicklungsansätze für konvektive stationäre Phasen an jene der partikulären Chromatographie angeglichen. Hierbei werden folgende Bereiche untersucht: Bestimmung des Prozessparameterbereichs, Einbeziehung neuer Prozessführungen, Vergleichbarkeit unterschiedlicher stationärer Phasen und Skalierbarkeit. Für die Untersuchung konvektiver stationärer Phasen wie MA, welche typischerweise einen hohen Stofftransport und geringen Druckverlust im Modul aufweisen, wurde ein HTS Modul im Kleinstmaßstab für eine skalierbare Prozessentwicklung entwickelt. Die Untersuchung fokussierte sich auf die Entfernung von Aggregaten aus einer fermentierten monoklonalen Antikörperlösung. Die erste Fallstudie untersucht die experimentelle Anwendung des entwickelten HTS-Aufbaus und -Moduls. Hierbei werden der klassische Bindungs- und Elutionsmodus unter Variation des pH-Wertes und der Salzkonzentration angewendet. Dadurch lassen sich die Prozessfenster für die untersuchten Ionenaustausch-MA Sartobind® S und Q ermitteln. Des Weiteren wird mit Hilfe mechanistischer Modellbildung ein digitaler Zwilling erarbeitet. Die erhaltenen Ergebnisse bestätigen den erfolgreichen HTS-Aufbau und den entwickelten digitalen Zwilling. Im Ergebnisvergleich mit einer flüssigchromatographiebasierten Systemauftrennung zeigte der digitale Zwilling eine Signalübereinstimmung von über 80%. Des Weiteren wird für eine Maßstabsübertragung eines 0.42 mL Moduls auf ein 800 mL Modul eine Vorhersagegenauigkeit der dynamischen Durchbruchskonzentration von 90 % erzielt. Im Rahmen der Angleichung von konvektiven zu harzbasierten stationären Phasen ist in der zweiten Fallstudie die Abbildbarkeit von neuen Prozessführungen untersucht worden. Unterstützt durch mechanistische Modellierung wurden zwei verschiedene Trennungen auf kompetitive Adsorption untersucht. Darauf aufbauend wurde ein neuartiges HTS-Screeningmethode entwickelt. Dieses Verfahren ermöglicht die Bestimmung von Verdrängungseffekten durch kompetitive Adsorption und liefert Schlüsselgrößen zur Identifizierung dieser. Die Untersuchungsmethode wird Überladungs- und Elutionsverfahren (overload and elute mode, OBE) genannt und ebenfalls in der Aggregatabtrennung mit Sartobind® S untersucht. Basierend auf der im HTS angewandten OBE-Methode lassen sich sowohl klassische als auch dynamische Effekte bestimmen. Die Einführung des Verdrängungsidentifikators (displacement identifier, DI) ermöglicht eine Visualisierung von Verdrängungseffekten in einer Prozessparameterkarte. Auf Grundlage dieser Ergebnisse werden die Verdrängungseffekte in einem Recyclingexperiment angewendet. Dieses Recyclingexperiment weist durch die Ausnutzung der Verdrängungseffekte eine 45 % Reduktion der IgG- und 88 % höher Aggregatbindungskapazität im Vergleich mit einem einfachen FT-Prozess auf. Die zuvor angeführten Arbeiten haben die Unterschiede zwischen harzbasierten und konvektiven stationären Phasen reduziert. Dementsprechend erfolgten in der dritten Fallstudie die Untersuchung und der Vergleich von unterschiedlichen stationären Phasen. Hierbei wird eine Strategie zur Bewertung verschiedener Kombinationen von stationären Phasen, deren Grundgerüsten und Liganden, vorgestellt. Diese Strategie gewährleistet für die Erstellung einer Lebenden Prozessentwicklungsbibliothek die Untersuchung und Auswahl von passenden stationären Phasen. In dieser Fallstudie werden entwickelte Strategien an neuartigen MA behandelt, welche verschiedene chromatographische Effekte kombinieren (Mixed Mode, MiMo). Die Strategie beinhaltet theoretische Überlegungen sowie Untersuchungen der optimalen stationären Phasen hinsichtlich ihrer Selektivität und Bindungskapazität. Anhand der theoretischen Überlegungen lässt sich der experimentelle Raum, die möglichen Kombinationen aus stationären Phasen, deren Grundgerüst und Liganden reduzieren. Dafür wird jeder potenzielle MiMo MA Kandidat auf sein Potential zur Reduktion von Aggregaten in einer mAb Lösung untersucht und mit der Leistung der harzbasierten stationären Phase Capto™ Adhere verglichen. Die vorgestellte Strategie reduziert in einem frühem Untersuchungszeitpunkt die Reduktion von drei auf zwei mögliche stationäre Phasen reduzieren. Unter Berücksichtigung des untersuchten Einflusses der Ionenkapazität lässt sich ein finaler Kandidat ermitteln. Hierbei zeigt der Kandidat eine um 2 bis 3 Membranvolumen höhere Bindungskapazität als die Referenz Capto™ Adhere. Unter Verwendung der vorgestellten Strategie und Einbindung in eine Lebende Prozessbibliothek lassen sich zeiteffizient optimale stationäre Phasen identifizieren. Komplettiert wird die Arbeit in der letzten Fallstudie durch eine anwenderorientierte Maßstabsübertragung mittels mechanistischer Modellierung. Diese Arbeit beschreibt die typischen Modellierungsschritte mit Fokus auf der Maßstabsübertragung. Hierbei wird in der fluiddynamischen Beschreibung im Speziellen auf die Untersuchung und Optimierung von verschiedenen Modulen und deren Maßstabsübertragung eingegangen. Abweichend von der klassischen Isothermen-Parameterbestimmung werden historische HTS Daten verwendet, um die Isothermen-Parameter abzuschätzen. Dieses Vorgehen ermöglich in einem Lebenden Bibliotheksansatz die Inklusion von historischen Daten. Abgeschlossen wird die Fallstudie durch die Maßstabsübertrag eines axial durchströmten 0,46 mL HTS-Moduls zu einem 150 mL radial durchströmten Modul im Pilotmaßstab. Abschließend liefert diese Arbeit ein Verfahren zur Optimierung der Prozessentwicklung. Die verschiedenen Ansätze der Prozessentwicklung können in einem Lebenden Bibliothekansatz zusammengeführt werden. Dieser Bibliothekansatz umfasst Expertenwissen, Experimente sowie statistische und mechanistische Modellierung. In diesem Bestreben wurden zwischen harzbasierten und konvektiven stationären Phasen gleiche Wettbewerbsbedingungen geschaffen. Diese Vergleichbarkeit ermöglicht eine direkte Auswahl der stationären Phasen für eine bestimmte Trennaufgabe. Die anwenderorientierte Maßstabsübertragung bietet einen Leitfaden, wie durch mechanistische Modellierung die unterschiedlichen Prozessentwicklungsansätze zusammengeführt werden können. In dieser Arbeit zeigt die mechanistische Modellierung, wie der Prozessentwicklungsprozess abgebildet, transferiert, konserviert und standardisiert werden kann. Dadurch entsteht ein kohärentes und übertragbares Verfahren zur Verfügung, wodurch die anstehenden Herausforderungen in der Prozessentwicklung überwunden werden können

The diffuse Nitsche method: Dirichlet constraints on phase-field boundaries

We explore diffuse formulations of Nitsche's method for consistently imposing Dirichlet boundary conditions on phase-field approximations of sharp domains. Leveraging the properties of the phase-field gradient, we derive the variational formulation of the diffuse Nitsche method by transferring all integrals associated with the Dirichlet boundary from a geometrically sharp surface format in the standard Nitsche method to a geometrically diffuse volumetric format. We also derive conditions for the stability of the discrete system and formulate a diffuse local eigenvalue problem, from which the stabilization parameter can be estimated automatically in each element. We advertise metastable phase-field solutions of the Allen-Cahn problem for transferring complex imaging data into diffuse geometric models. In particular, we discuss the use of mixed meshes, that is, an adaptively refined mesh for the phase-field in the diffuse boundary region and a uniform mesh for the representation of the physics-based solution fields. We illustrate accuracy and convergence properties of the diffuse Nitsche method and demonstrate its advantages over diffuse penalty-type methods. In the context of imaging based analysis, we show that the diffuse Nitsche method achieves the same accuracy as the standard Nitsche method with sharp surfaces, if the inherent length scales, i.e., the interface width of the phase-field, the voxel spacing and the mesh size, are properly related. We demonstrate the flexibility of the new method by analyzing stresses in a human vertebral body

Join Point Designation Diagrams: Eine grafische Darstellungsweise für den Entwurf von Join Point Selektionen in der aspektorientierten Softwareentwicklung

Sharing knowledge about program specifications is a crucial task in collaborative software development. Developers need to be able to properly assess the objectives of the program specification in order to adequately deploy or evolve a piece of program. The specification of join point selections (also known as "pointcuts") in Aspect-Oriented Software Development (AOSD) is a piece of a program which frequently tends to grow quite complex, in particular if the join point selections involve selection constraints on the dynamic execution history of the program. In that case, readers of the pointcut specification frequently find themselves confronted with considerable comprehension problems because they need to inspect and realize an intricate and fragmented program specification in order to reconstruct the true objectives of the join point selection. This thesis presents Join Point Designation Diagrams (JPDDs) as a possible solution to the problem. JPDDs are a visual notation that provides an extensive set of join point selection means which are consolidated from a variety of contemporary aspect-oriented programming languages. JPDDs are capable of highlighting different join point selection constraints depending on the conceptual view on program execution which underlies the join point selection. With the help of these means, JPDDs are capable of representing complex join point selections on the dynamic execution of a program in a succinct and concise manner. JPDDs may be used by software developers of different aspect-oriented programming languages to represent their join point selections for the sake of an improved comprehensibility of the join point selections and – thus – for the sake of an easier communication between software developers. This thesis gives empirical evidence that JPDDs indeed facilitate the comprehensibility of join point selections. To do so, it conducts a controlled experiment which compares JPDDs to equivalent pointcut implementations in an aspect-oriented programming language. The experiment shows that JPDDs have a clear benefit over their codified counterparts in most of the case, while only in few cases no such benefit could be measured.Die Kommunikation und der Wissensaustausch zwischen Softwareentwicklern über Programmspezifikationen ist eine essentielle Notwendigkeit in großen Softwareprojekten. Softwareentwickler müssen den Sinn und Zweck eines (Teil)Programms richtig erfassen, bevor sie in der Lage sind, das (Teil)Programm richtig einzubinden bzw. weiterzuentwickeln. Join Point Selektionen in der aspektorientierten Softwareentwicklung (auch "Pointcuts" genannt) sind ein Beispiel für Programmspezifikationen, die schnell komplex werden – insbesondere dann, wenn sie Selektionsbedingungen enthalten, die sich auf die Laufzeitvergangenheit eines Programms beziehen. Die Spezifikationen solcher Join Point Selektionen sind oft schwer zu verstehen, da Softwareentwickler eine Vielzahl kleiner Spezifikationsfragmente und ihre Abhängigkeiten analysieren müssen, bevor sie den Sinn und Zweck einer Join Point Selektion erfassen können. Diese Dissertation präsentiert Join Point Designation Diagrams (JPDDs) als eine Lösung für das Problem. JPDDs sind eine grafische Notation, die eine Vielzahl von Selektionstechniken aus aktuellen aspektorientierten Programmiersprachen vereinigt. JPDDs ermöglichen es, unter Berücksichtigung gängiger konzeptioneller Sichten auf die Programmausführung relevante Selektionsbedingungen besonders hervorzuheben. Dabei stellen JPDDs Bedingungen, die sich auf die Laufzeitvergangenheit eines Programms beziehen, unzersplittert dar. JPDDs können von Softwareentwicklern unterschiedlicher Programmiersprachen benutzt werden, um ihre Join Point Selektionen zu spezifizieren und so das Verständnis der Join Point Selektionen – und damit die Kommunikation und den Wissensaustausch zwischen Softwareentwicklern – zu vereinfachen. Diese Dissertation weist mit Hilfe eines kontrollierten empirischen Experiments nach, dass JPDDs tatsächlich in der Lage sind, das Verständnis von Join Point Selektionen zu vereinfachen. Dazu werden JPDDs mit äquivalenten Pointcut-Spezifikationen in einer aspektorientierten Programmiersprache verglichen. Das Experiment zeigt, dass JPDDs in der Mehrzahl der Fälle vorteilhaft sind. Nur in wenigen Ausnahmen konnte kein Vorteil im Vergleich zu der aspektorientierten Programmiersprache beobachtet werden

A tip-based source of femtosecond electron pulses at 30keV

We present a nano-scale photoelectron source, optimized towards ultrashort pulse durations and well-suited for time-resolved diffraction experiments. A tungsten tip, mounted in a suppressor-extractor electrode configuration, allows the generation of 30 keV electron pulses with an estimated pulse duration of 37 fs at the gun exit. We infer the pulse duration from particle tracking simulations, which are in excellent agreement with experimental measurements of the electron-optical properties of the source. We furthermore demonstrate femtosecond laser-triggered operation. Besides the short electron pulse duration, a tip-based source is expected to feature a large transverse coherence as well as a nanometric emittance.Comment: 4 pages, 3 figure

A DEIM driven reduced basis method for the diffuse Stokes/Darcy model coupled at parametric phase-field interfaces

In this article, we develop a reduced basis method for efficiently solving the coupled Stokes/Darcy equations with parametric internal geometry. To accommodate possible changes in topology, we define the Stokes and Darcy domains implicitly via a phase-field indicator function. In our reduced order model, we approximate the parameter-dependent phase-field function with a discrete empirical interpolation method (DEIM) that enables affine decomposition of the associated linear and bilinear forms. In addition, we introduce a modification of DEIM that leads to non-negativity preserving approximations, thus guaranteeing positive-semidefiniteness of the system matrix. We also present a strategy for determining the required number of DEIM modes for a given number of reduced basis functions. We couple reduced basis functions on neighboring patches to enable the efficient simulation of large-scale problems that consist of repetitive subdomains. We apply our reduced basis framework to efficiently solve the inverse problem of characterizing the subsurface damage state of a complete in-situ leach mining site. © 2022, The Author(s)

A DEIM driven reduced basis method for the diffuse Stokes/Darcy model coupled at parametric phase-field interfaces

In this article, we develop a reduced basis method for efficiently solving the coupled Stokes/Darcy equations with parametric internal geometry. To accommodate possible changes in topology, we define the Stokes and Darcy domains implicitly via a phase-field indicator function. In our reduced order model, we approximate the parameter-dependent phase-field function with a discrete empirical interpolation method (DEIM) that enables affine decomposition of the associated linear and bilinear forms. In addition, we introduce a modification of DEIM that leads to non-negativity preserving approximations, thus guaranteeing positive-semidefiniteness of the system matrix. We also present a strategy for determining the required number of DEIM modes for a given number of reduced basis functions. We couple reduced basis functions on neighboring patches to enable the efficient simulation of large-scale problems that consist of repetitive subdomains. We apply our reduced basis framework to efficiently solve the inverse problem of characterizing the subsurface damage state of a complete in-situ leach mining site. © 2022, The Author(s)